Cuộc sống sau này của Vương nữ đã bị hủy hoại bởi bệnh tật và khuyết tật.[152] Bà bắt đầu hút thuốc lá từ năm 15 tuổi và nghiện hút thuốc nặng trong nhiều năm sau đó.[153][154] Thập niên 1970, bà bị suy nhược thần kinh và được điều trị chứng trầm cảm bởi Mark Collins, một bác sĩ tâm thần từ Priory Clinic.[155] Ngày 5 tháng 1 năm 1985, bà phải cắt bỏ một phần phổi bên trái; cuộc phẫu thuật có sự tương đồng với cuộc phẫu thuật của cha bà hơn 30 năm về trước.[156] Năm 1991, bà từ bỏ thuốc lá, mặc dù bà vẫn tiếp tục uống nhiều rượu.[157] Tháng 10 năm 1993, một người bạn của Margaret tiết lộ rằng bà đã gặp Townsend lần cuối cùng trước khi ông qua đời vào năm 1995. Bà không muốn tham dự bất cứ cuộc hội ngộ mà cả hai được mời, vào năm 1992, vì sợ chúng có thể bị báo chí săn đón, vì vậy thay vào đó bà yêu cầu gặp mặt ông một cách riêng tư.[158] Margaret nói rằng ông trông "giống hệt lúc trước, ngoại trừ việc ông có mái tóc màu xám".[48] Khách mời nói rằng ông không thực sự thay đổi, chúng tôi chỉ ngồi trò chuyện như những người bạn cũ. Họ cũng cho rằng ông khá bất bình và tự thuyết phục mình rằng khi đồng ý chia tay, ông và Margaret đã nêu một tấm gương cao cả mà tưởng chừng như vô ích.[159]

Tháng 1 năm 1993, bà nhập viện vì viêm phổi. Bà trải qua một cơn đột quỵ nhẹ vào ngày 23 tháng 2 năm 1998 tại ngôi nhà nghỉ dưỡng của mình ở Mustique.[160] Đầu năm sau, Vương nữ bị bỏng nặng ở bàn chân trong một tai nạn trong phòng tắm, điều này ảnh hưởng đến khả năng vận động của bà, do đó, bà cần phải được hỗ trợ khi đi bộ và đôi khi sử dụng xe lăn.[161] Bà nhập viện vào ngày 10 tháng 1 năm 2001 do chán ăn và khó nuốt sau một cơn đột quỵ nữa.[162][163] Đến tháng 3 năm 2001, đột quỵ đã khiến bà mất thị lực một phần và tê liệt nửa trái.[164] Lần xuất hiện cuối cùng trước công chúng của Margaret là tại lễ kỷ niệm sinh nhật lần thứ 101 của mẹ bà vào tháng 8 năm 2001 và lễ kỷ niệm sinh nhật lần thứ 100 của mợ bà, Công nương Alice, Nữ công tước xứ Gloucester, vào tháng 12 cùng năm.[165]

Vương nữ Margaret qua đời tại Bệnh viện Quốc vương Edward VII, Luân Đôn lúc 06:30 (GMT) vào ngày 9 tháng 2 năm 2002 ở tuổi 71, một ngày sau khi bị một cơn đột quỵ khác dẫn đến các vấn đề về tim.[150][166][167] Hoàng tử xứ Wales sau đó bày tỏ lòng kính trọng với dì của mình trong một chương trình phát sóng trên truyền hình.[168][169]

Quan tài của Margaret, được phủ theo tiêu chuẩn cá nhân của bà, được đưa từ Cung điện Kensington đến Cung điện Thánh James trước tang lễ của bà.[170] Lễ tang được tổ chức vào ngày 15 tháng 2 năm 2002, Kỷ niệm 50 năm ngày tang của cha bà.[171] Theo mong muốn của bà, buổi lễ là một buổi lễ riêng tư tại Nhà nguyện Thánh George, Lâu đài Windsor, dành cho gia đình và bạn bè.[172] Không giống như hầu hết các thành viên khác trong hoàng tộc, Vương nữ Margaret được hỏa táng, tại lò hỏa táng Slough.[173] Tro cốt của bà được đặt trong ngôi mộ của cha mẹ bà, Quốc vương George VI và Vương hậu Elizabeth (người qua đời vào 7 tuần sau Margaret), trong Nhà nguyện Tưởng niệm Quốc vương George VI trong Nhà nguyện Thánh George hai tháng sau.[174] Một buổi lễ tưởng niệm cấp nhà nước đã được tổ chức tại Tu viện Westminster vào ngày 19 tháng 4 năm 2002.[175]